赤字会社でも税務調査は来る？消費税還付申告が厳しくチェックされる理由

国税当局は、黒字企業に限らず赤字会社に対しても税務調査を実施しています。

なかでも、消費税の還付申告は不正が生じやすい分野として位置づけられており、重点的に調査が行われる事項の一つです。

本記事では、赤字会社で税務調査が行われやすいケースや、消費税の還付申告が厳しく確認される理由について解説します。

赤字会社でも税務調査が行われる主なケース

赤字会社に対して税務調査が実施される背景には、主に次の2つのリスクがあります。

法人税や所得税は利益に対して課税されるため、赤字となれば原則として納税は発生しません。

そのため、売上の一部を計上しなかったり、計上時期を操作したりすることで売上を過少申告する事業者や、架空経費や経費の水増しによって意図的に赤字を作るケースが存在します。

また法人には「欠損金の繰戻還付制度」があり、当期に欠損金が生じた場合、その欠損金を前期に繰り戻して法人税の還付を受けることができます。

この制度を悪用し、意図的に損失を大きく見せることで、過去に納付した税金の還付を受けようとする事例もあるため、赤字申告であっても税務署は慎重に確認を行います。

さらに、消費税の申告では、課税売上に係る消費税額から課税仕入れに係る消費税額を差し引いて納税額を計算します。

課税仕入れの方が多い場合、確定申告により消費税の還付を受けることができますが、課税仕入れを水増しするなどの不正により、還付金をだまし取る事案が後を絶ちません。

このような背景から、消費税の還付申告は税務調査の重点事案として扱われています。

消費税還付申告に対する国税当局の対応方針

令和4年1月、国税庁は「消費税還付申告に関する国税当局の対応について」を公表し、還付申告への基本的な対応方針を明らかにしました。

この方針によると、国税当局は不正還付を防止するため、各種情報と照らし合わせて必要があると判断した場合、還付金の支払いを一時的に保留し、還付申告の原因を確認するとしています。

具体的には、電話等による行政指導や、関係書類の提出依頼、実地調査などが行われる可能性があります。

還付申告の原因はケースごとに異なるため個別対応が必要となり、課税仕入れや免税取引の相手方と連絡が取れないなど、取引実態の確認が困難な場合も想定されます。

消費税の確認作業には一定の時間を要することから、今後は還付申告を行っても、実際に還付金が支払われるまで長期間保留される可能性があることが示唆されています。

消費税還付に対する調査が厳しくなる理由

法人に対する税務調査では、もともと消費税の還付申告は重要な確認項目でしたが、今後はさらに調査が厳しくなると考えられます。

その理由として、次の2つの制度改正が挙げられます。

（1）軽減税率制度の導入
（2）インボイス制度の実施

一つずつ詳しく解説します。

軽減税率制度の導入

消費税の軽減税率は、令和元年10月1日に消費税率が10％へ引き上げられた際に同時に導入されました。

日本で初めて導入された制度であることから、税率の適用誤りが発生しやすく、税務署は積極的に確認を行っています。

また、8％と10％の2種類の税率が併存することで、税率差を利用した不正還付が行われるリスクも高まっています。

法人調査では複数年分をまとめて調査することが多いため、制度導入から一定期間が経過した今後、本格的な消費税調査が行われる可能性は高いでしょう。

インボイス制度の実施

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は、仕入税額控除を適用するための要件として、令和5年10月から施行されました。

制度開始後は、従来の要件に加えて適格請求書の保存が必要となるため、仕入税額控除の要件は一層厳しくなっています。

仕入税額控除が認められなければ、消費税の納税額が増える一方、還付金額は減少します。

そのため、インボイス制度の導入前後は、控除要件を満たしているかどうかが厳しく確認され、申告誤りがあれば税務調査につながる可能性があります。

制度開始前から十分な対策を講じておくことが重要です。

消費税の不正還付で実際に使われる手口

消費税の不正還付の典型例として、架空の国内仕入れ（課税取引）や、架空の輸出売上（免税取引）を計上する手口があります。

国税当局が摘発した事案の中には、国内での仕入れを装って架空の課税仕入れを計上し、あわせて国外への販売を装って架空の免税売上を計上することで、多額の消費税還付金を申告したケースもあります。

国際取引は、消費税の不正還付と同様に税務調査の重点課題とされているため、海外取引を行う法人は、課税・免税の区分を含め、消費税の取り扱いにより一層注意する必要があります。

まとめ

赤字会社であっても税務調査が行われる可能性は十分にあり、特に消費税の申告については、軽減税率やインボイス制度の影響により、今後さらに調査が強化されると考えられます。

法改正の前後は計算ミスや申告誤りが生じやすく、税務署もそのタイミングを狙って調査を行う傾向があります。

税務調査を回避するためには、日頃から適正な処理を行い、正確な申告書を作成することが何より重要です。

不安がある場合は、税理士などの専門家に相談し、早めに税務調査対策を講じておきましょう。

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